本篇内容介绍了“R语言的maf_oncoplot.r怎么使用”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！
maf_oncoplot.r突变注释文件分类可视化maftools
使用方法:
Rscript /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r -h
usage: /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r [-h] -i maffile -m metadata
-g group
[-a additive [additive ...]]
[-T topgene]
[-l genelist [genelist ...]]
[-t] [-o outdir]
[-H height] [-W width]
Mutation annotation file classification
visualization:https://www.亿速云.com/article/1518
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-i maffile, --maf maffile
input the maf file[required]
-m metadata, --meta metadata
input metadata file path[required]
-g group, --group group
input group id in metadata file to classification
visualization[required]
-a additive [additive ...], --additive additive [additive ...]
add additional class[optional,default: NULL]
-T topgene, --top topgene
Number of top genes displayed [optional, default: 20]
-l genelist [genelist ...], --genelist genelist [genelist ...]
the selected gene list to display [optional, default:
NULL]
-t, --showtitle whether show maftools title of plot [optional,
default: False]
-o outdir, --outdir outdir
output file directory [default cwd]
-H height, --height height
the height of pic inches [default 8]
-W width, --width width
the width of pic inches [default 8]
参数说明：
-i 突变注释文件maf的路径，可从TCGA数据库中直接下载：
42444578
| + | Missense_Mutation |
|
|
|
| MAP2 |
|
|
-m metadata文件，病人样本的各种特征信息，必须包含以patient命名的患者TCGA编号列：
tissue_or_organ_of_origin
|
|
| alcohol_history |
|
Middle third of esophagus
|
|
| Yes |
|
|
| Middle third of esophagus |
|
| Middle third of esophagus |
-g 指定metadata 分组列名，如果分组名字有空格，应该用引号引起来
-a 附加分组列名，结果将在图中显示
-T 可指定所要展示的top基因个数，默认20
-l 可指定所要展示的基因列表，基因之间用空格隔开，默认NULL
使用举例：
Rscript /share/nas1/zhangll/MAF/code/maf_oncoplot.r -i /share/nas1/zhangll/MAF/TCGA-ESCA.maf_maftools.maf -m /share/nas1/huangls/project/TCGA_ESCA/metadata.tsv -g gender
“R语言的maf_oncoplot.r怎么使用”的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！
