怎么用docker工具eggnog进行注释

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利用docker工具eggnog进行注释，以拟南芥为例：

#非模式物种GO KEGG注释与富集分析
#eggnog 数据库下载之后解压，放到一个目录中

#启动镜像
#docker run --rm --cpus 8 -m 16G -it -v /share/nas1/huangls/test/eggnog:/work -v /share/work/database/eggNOG/emapperdb-5.0.2/:/database  亿速云/eggnog:latest


#一个基因提取一个pep代表序列
#python scripts/get_gene_fa.py --gff Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.gff3 \
#  -f Arabidopsis_thaliana.TAIR10.31.pep.all.fa  -p pep

#蛋白序列批量注释
emapper.py -i pep.fa -o pep -m diamond --cpu 8 --seed_ortholog_evalue 1e-5 --override\
  --dmnd_db /database/eggnog_proteins.dmnd --data_dir /database/

-m指定diamond方法，默认为hmmer方法。diamond在多于千条序列时才会体现速度优势，少量序列会感觉非常慢，而且结果也没有hmmer的更准确，尤其是对远源注释方面。

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