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enrichKEGG_pip.r KEGG 富集分析
$Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r -h usage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichKEGG_pip.r [-h] -g gene.list [-d ann.db] [-t idtype] [-s show.type] [-O organism] [-p pvalueCutoff] [-q qvalueCutoff] [-c showCategory] [-n prefix] [-o outdir] [-H height] [-W width] KEGG enrich analysis : https://www.亿速云.com/article/1503 optional arguments: -h, --help show this help message and exit -g gene.list, --gene.list gene.list diff expressed gene list file, required -d ann.db, --ann.db ann.db org.Hs.eg.db or org.Mm.eg.db ,for more info visit: https://www.亿速云.com/article/1244 [optional, default: org.Hs.eg.db ] -t idtype, --idtype idtype deg gene id type: ENSEMBL SYMBOL ENTREZID GENENAME [optional, default: SYMBOL ] -s show.type, --show.type show.type set example ID type name [optional, default: ENTREZID ] -O organism, --organism organism organism ,for more info visit: https://www.亿速云.com/article/787 [optional, default: hsa ] -p pvalueCutoff, --pvalueCutoff pvalueCutoff pvalue cutoff on enrichment tests to report, [optional, default: 0.05 ] -q qvalueCutoff, --qvalueCutoff qvalueCutoff qvalue cutoff on enrichment tests to report as significant. Tests must pass i) pvalueCutoff on unadjusted pvalues, ii) pvalueCutoff on adjusted pvalues and iii) qvalueCutoff on qvalues to be reported., [optional, default: 0.2 ] -c showCategory, --showCategory showCategory how many KEGG Category to show, [optional, default: 10 ] -n prefix, --prefix prefix the output file prefix [optional, default: KEGG ] -o outdir, --outdir outdir output file directory [default cwd] -H height, --height height the height of pic inches [default 5] -W width, --width width the width of pic inches [default 7]
-g 输入基因列表文件: 脚本会读取第一列基因ID作为基因集:
-d 物种注释数据库: 人的:org.Hs.eg.db
-t 指定输入基因列表的ID类型
Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.r --gene.list $workdir/04.deg/S1_vs_S2.DEG.final.tsv \ -o KEGG -n S1_vs_S2 --pvalueCutoff 0.01 --ann.db org.Hs.eg.db --organism hsa \ --idtype SYMBOL
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