R语言的immune_bar_plot.r如何使用

这篇文章主要介绍了R语言的immune_bar_plot.r如何使用的相关知识，内容详细易懂，操作简单快捷，具有一定借鉴价值，相信大家阅读完这篇R语言的immune_bar_plot.r如何使用文章都会有所收获，下面我们一起来看看吧。

immune_bar_plot.r 免疫侵润分析bar绘图

使用方法：

$ Rscript  immune_bar_plot.r  -h
usage: immune_bar_plot.r [-h] -i filepath [-t title]
                                                  [-a xlab] [-b ylab]
                                                  [-m metadata]
                                                  [-g group [group ...]] [-x]
                                                  [-o outdir] [-n prefix]
                                                  [-H height] [-W width]
immune bar plot
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i filepath, --input filepath
                        input the immune martix [required]
  -t title, --title title
                        input legend tittle name [default cell type]
  -a xlab, --xlab xlab  input xlab [default sample]
  -b ylab, --ylab ylab  input ylab [default fraction]
  -m metadata, --metadata metadata
                        input metadata file [default NULL]
  -g group [group ...], --group group [group ...]
                        name of group order [default NULL]
  -x, --no.xaxis        not show x axis sample name [default False]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -n prefix, --name prefix
                        out file name prefix [default demo]
  -H height, --height height
                        the height of pic inches [default 7]
  -W width, --width width
                        the width of pic inches [default 12]

参数说明：

使用举例：

#绘制免疫侵润柱状图
Rscript $scriptdir/immune_bar_plot.r -i immu/cibersort.res.tsv -n cibersort.bar \
-o immu --ylab fraction  --no.xaxis
#按照分组进行排序
Rscript $scriptdir/immune_bar_plot.r -i immu/cibersort.res.tsv -n cibersort.bar.g \
-m metadata.group.tsv -g subtype.hclust -o immu --ylab fraction  --no.xaxis

关于“R语言的immune_bar_plot.r如何使用”这篇文章的内容就介绍到这里，感谢各位的阅读！相信大家对“R语言的immune_bar_plot.r如何使用”知识都有一定的了解，大家如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道。