bugbase指定表型预测的方法

今天小编给大家分享一下bugbase指定表型预测的方法的相关知识点，内容详细，逻辑清晰，相信大部分人都还太了解这方面的知识，所以分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后有所收获，下面我们一起来了解一下吧。

Bugbase除了生成默认九种表型的预测文件，在本地运行还可以指定表型对样品进行预测

输入文件

1. 把想要预测的表型按照如下格式整理到一个文件夹下面，每个文件为一种表型，文件名称为想要预测的表型。这里把5种要预测的表型文件放在了costom_pathway目录下。

其中每个文件内容如下,一个KO ID占一行。

准备好文件之后，运行代码即可。

运行代码

1. 打开DOCKER虚拟机，进入镜像(注意：运行成功需要至少25G的内存，所以需要给docker更多的内存)

docker run --rm -m 25 -v D:\project\bugbase:/work -it 亿速云/ampliseq-q1:v1.2

2.生成指定表型的预测文件（运行默认为16S数据）

make.user.table.r -i costom_pathway/

参数说明

-i    准备好指定表型的文件目录

运行成功后，目录下会出一个过程文件intermediates（红色）和需要的指定表行预测文件Custom_BugBase_Traits.txt（黄色）。

3.进行表型预测

run.bugbase.r -i table.from_txt_json.biom -m fastmap.txt -c loc -u costom_pathway/Custom_BugBase_Traits.txt -o cus_ko

参数说明

-i  otu_table biom1.0格式文件(16S必须是用GREENGENE数据库注释)

-u 指定表型的预测文件

-m 样品信息表

-c 指定样品分组

-o 输出文件名称

-t 指定分类水平 1-7，默认门水平

-T 阈值 0-1，可指定过滤阈值

以上就是“bugbase指定表型预测的方法”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获，小编每天都会为大家更新不同的知识，如果还想学习更多的知识，请关注亿速云行业资讯频道。