如何使用XP CLR检测基因组中的选择信号

本篇内容介绍了“如何使用XP CLR检测基因组中的选择信号”的有关知识，在实际案例的操作过程中，不少人都会遇到这样的困境，接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧！希望大家仔细阅读，能够学有所成！

分析文件准备方法介绍：

如果不会编程，上述xpclr的输入文件还是不好准备的，这里教大家利用plink准换生成.geno 文件；由于xpclr一次只能运行一条染色体，所以这里举例第一条染色体运行：

## 生成pop1亚群 geno文件
#样品名字变成两列方便plink转换生成.geno 文件：
awk '{print $1 "\t" $1}'  pop1.txt > pop1.keep.txt
plink --vcf $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz \
    --keep pop1.keep.txt  --chr 1  --out  Chr1.pop1  \
    --recode 01 transpose -output-missing-genotype 9  \
    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order
cut -d " " -f 5- Chr1.pop1.tped  | awk '{print $0" "}' > Chr1.pop1.geno
## 生成pop2亚群 geno文件
awk '{print $1 "\t" $1}'  $datadir/pop2.txt > pop2.keep.txt
plink --vcf $workdir/00.filter/clean.sorted.vcf.gz \
    --keep pop2.keep.txt  --chr 1  --out  Chr1.pop2  \
    --recode 01 transpose -output-missing-genotype 9  \
    --allow-extra-chr --set-missing-var-ids @:# --keep-allele-order
cut -d " " -f 5- Chr1.pop2.tped  | awk '{print $0" "}' > Chr1.pop2.geno

## 生成snp位置信息文件
zcat clean.sorted.vcf.gz|awk '$1=="1" {print " "$1":"$2 "\tChr01\t" $2/100000000 "\t" $2 "\t"  $4 "\t" $5 }' >  Chr01.snp
## 运行xpclr分析
XPCLR  -xpclr  Chr1.pop1.geno Chr1.pop2.geno  Chr01.snp Chr01.out  -w1 0.005 200 2000 Chr01 -p0 0.95
## 替换染色体名称
sed 's/^0/Chr01/'  Chr01.out.xpclr.txt

得到的结果文件中，每一列分别代表 chr# grid# #ofSNPs_in_window physical_pos genetic_pos XPCLR_score max_s，XPCLR_score 是算出的 XP-CLR 分数。

“如何使用XP CLR检测基因组中的选择信号”的内容就介绍到这里了，感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站，小编将为大家输出更多高质量的实用文章！