BIOM微生物数据格式及文件转换的方法

这篇文章主要介绍“BIOM微生物数据格式及文件转换的方法”，在日常操作中，相信很多人在BIOM微生物数据格式及文件转换的方法问题上存在疑惑，小编查阅了各式资料，整理出简单好用的操作方法，希望对大家解答”BIOM微生物数据格式及文件转换的方法”的疑惑有所帮助！接下来，请跟着小编一起来学习吧！

BIOM目前分为1.0 JSON和2.0 HDF5两个版本

1.0 JSON是编程语言广泛支持的格式，类似于散列的键值对结果。会根据数据松散程度，选择不同的存储结构来节省空间。

2.0 HDF5是二进制格式，被许多程序语言支持，读取更高效和节约空间。

如何节约存储：

• biom格式转换常用命令：

• 
  

• 转换经典表格为HDF5或JSON格式

biom convert -i table.txt -o table.from_txt_json.biom --table-type="OTU table" --to-json
biom convert -i table.txt -o table.from_txt_hdf5.biom --table-type="OTU table" --to-hdf5

• 转换biom为经典格式

biom convert -i table.biom -o table.from_biom.txt --to-tsv

• 转换biom为经典格式，并在最后列包括物种注释信息

biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_taxonomy.txt --to-tsv --header-key taxonomy

• 转换biom为经典格式，并在最后列包括物种注释信息，并改名为ConsensusLineage

• 此功能对于一些软件要求指定的列名有很有用。

- biom convert -i table.biom -o table.from_biom_w_consensuslineage.txt --to-tsv --header-key taxonomy --output-metadata-id "ConsensusLineage"

• 带物种注释表格互转

biom convert -i table.biom -o table_tax.txt --to-tsv --header-key taxonomy
biom convert -i table_tax.txt -o new_table.biom --to-hdf5 --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy
biom convert -i table_tax.txt -o new_table.biom --to-json --table-type="OTU table" --process-obs-metadata taxonomy

取子集亚组进行分析；

biom subset-table -i otu_table.biom -a sample -s samples_list.txt -o otu_table_subset.biom

samples_list.txt 为单列样品名称；

biom文件中过滤方法：

如果系统中安装了qiime1 ，会有关于biom文件得过滤得脚本，方便我们筛选自己得数用于后续分析：

# 按样品数据测序量过滤：选择counts>30000的样品
filter_samples_from_otu_table.py -i otu_table.biom -o otu_table1.biom -n 30000
# 查看过滤后结果：
biom summarize-table -i otu_table1.biom
# 按样品数据测序量过滤：选择counts<10000的样品
filter_samples_from_otu_table.py -i otu_table.biom -o otu_table_no_high_coverage_samples.biom -x 10000

# 按OTU丰度过滤：选择相对丰度均值大于十万分之一的OTU
filter_otus_from_otu_table.py --min_count_fraction 0.00001 -i otu_table.biom -o otu_table1.biom


# 按物种过滤OTU表：去除p__Chloroflexi菌门等 
filter_taxa_from_otu_table.py -i otu_table.biom -o otu_table1.biom
#Split otu_table.biom into per-study OTU tables, and store the results in ./per_study_otu_tables/
 split_otu_table.py -i otu_table.biom -m Fasting_Map.txt -f Treatment -o per_study_otu_tables
#Split otu_table.biom into multiple biom tables based on the Treatment and Color of the samples
 split_otu_table.py -i otu_table.biom -m Fasting_Map.txt -f Treatment,Color -o ./per_study_otu_tables/

到此，关于“BIOM微生物数据格式及文件转换的方法”的学习就结束了，希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习，快去试试吧！若想继续学习更多相关知识，请继续关注亿速云网站，小编会继续努力为大家带来更多实用的文章！