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这篇文章主要介绍“GATK Hard-filter过滤变异结果实例分析”的相关知识，小编通过实际案例向大家展示操作过程，操作方法简单快捷，实用性强，希望这篇“GATK Hard-filter过滤变异结果实例分析”文章能帮助大家解决问题。
GATK4官网给出的推荐阈值：For SNPs:
QD < 2.0 MQ < 40.0 FS > 60.0 SOR > 3.0 MQRankSum < -12.5 ReadPosRankSum < -8.0
For indels:
QD < 2.0 ReadPosRankSum < -20.0 InbreedingCoeff < -0.8 FS > 200.0 SOR > 10.0
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