samtools工具docker镜像如何使用

发布时间:2022-03-21 10:24:22 作者:iii
来源:亿速云 阅读:185

本篇内容介绍了“samtools工具docker镜像如何使用”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!

samtools工具docker镜像使用方法:

1.查询镜像:

$ docker search 亿速云
INDEX       NAME                                     DESCRIPTION                     STARS     OFFICIAL   AUTOMATED
docker.io   docker.io/亿速云/biocontainer-base   Biocontainers base Image        0
docker.io   docker.io/亿速云/samtools            samtools 1.10 from 亿速云   0

2.下载镜像

docker pull docker.io/亿速云/samtools:latest

运行镜像并使用samtools对t.fa文件建立索引

-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft   70 Mar 16 17:30 t.fa

/biosoft/docker/samtools


total 24
-rw-rw-r-- 1 biosoft biosoft   70 Mar 16 17:30 t.fa
-rw-r--r-- 1 root    root      14 Mar 16 17:55 t.fa.fai

或者直接可以把当前工作路径传递进去:

docker run -v `pwd`:`pwd` -w `pwd` --rm   d505ac3f6c30 samtools faidx t.fa         # -w 设置容器中的工作路径

“samtools工具docker镜像如何使用”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!

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docker samtools

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