怎么过滤fasta文件

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fasta文件有其固定的格式，如果某些序列格式错误或者出现一些不该出现的字符（例如乱码），就需要过滤掉这些序列。过滤方法比较简单，一个脚本就可以完成，避免重复的手动删除。

脚本运行命令：

perl  fasta.filter.pl  -in in.fasta  -o out.fasta

其中 ：

fasta.filter.pl：脚本名称；

-in：输入选项，后跟输入文件名称；

-o：输出选项，后跟输出文件名称。

脚本如下：

use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Getopt::Long;
my %opts;
GetOptions(\%opts,"in=s","o=s","h");
my$in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$opts{in}" ,
                                -format => 'Fasta');
my$out = Bio::SeqIO->new(-file => ">$opts{o}" ,
                                -format => 'Fasta');
while(my $seq = $in->next_seq()){
 my ($id,$seqence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);
 next if($seqence eq "");
 next if($seqence =~ [^ATCGNatcgn]);
 $out->write_seq($seq);
 $out->close();
}
 $in->close();
 $out->close();

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