bioperl如何直接读取输出gz压缩格式的fasta序列

小编给大家分享一下bioperl如何直接读取输出gz压缩格式的fasta序列，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

bioperl 直接读取输出gz压缩格式的fasta序列，代码示例：

die "perl $0 <id><fa><OUT>" unless(@ARGV==3);

use Math::BigFloat;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Data::Dumper;
use PerlIO::gzip;
open $FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";
open $FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";

$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => $FI ,
                               -format => 'Fasta');
$out = Bio::SeqIO->new(-fh => $FO ,
                               -format => 'Fasta');

另一种写法也是可以的：

use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Data::Dumper;
use PerlIO::gzip;
open FI, "<:gzip", "$ARGV[1]" or die "$!";
open FO, ">:gzip", "$ARGV[2]" or die "$!";


$in  = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FI ,
                               -format => 'Fasta');
$out = Bio::SeqIO->new(-fh => \*FO ,
                               -format => 'Fasta');

以上是“bioperl如何直接读取输出gz压缩格式的fasta序列”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！