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limma包可以对芯片数据进行处理,读取的原始数据格式的也比较多,包括gpr、txt等,这些文件格式和芯片图片处理软件有关。
而经过数据读取之后,获得RGList或者EList,前者对应双色芯片,后者对应单色芯片。
一般双色芯片RGList需要经过背景校正(backgroundCorrect)、芯片内标准化(normalizeWithinArrays)、芯片间标准化(normalizeBetweenArrays),最终获得标准化后的MAList。
查看每一步的数据分布情况可以基于limma提供的plotMA绘制MA图,或者plotDensities查看密度图
以GSE121505数据为例,正常读取后获得RGList,查看array1的MA图以及密度图:
plotMA(RGList,array = 1)
plotDensities(RGList[,1])
以及完成所有校正后的MAList
plotMA(MAList,array = 1)
plotDensities(MAList[,1])
注意:由RGList,到完成所有校正过程,中间生成的object,都可以按照此方法查看每一步处理的变化
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