双通道芯片MA和density怎么处理

发布时间:2022-03-19 13:49:38 作者:iii
来源:亿速云 阅读:330

这篇“双通道芯片MA和density怎么处理”文章的知识点大部分人都不太理解,所以小编给大家总结了以下内容,内容详细,步骤清晰,具有一定的借鉴价值,希望大家阅读完这篇文章能有所收获,下面我们一起来看看这篇“双通道芯片MA和density怎么处理”文章吧。

limma包可以对芯片数据进行处理,读取的原始数据格式的也比较多,包括gpr、txt等,这些文件格式和芯片图片处理软件有关。

而经过数据读取之后,获得RGList或者EList,前者对应双色芯片,后者对应单色芯片。

一般双色芯片RGList需要经过背景校正(backgroundCorrect)、芯片内标准化(normalizeWithinArrays)、芯片间标准化(normalizeBetweenArrays),最终获得标准化后的MAList。

查看每一步的数据分布情况可以基于limma提供的plotMA绘制MA图,或者plotDensities查看密度图

以GSE121505数据为例,正常读取后获得RGList,查看array1的MA图以及密度图:

plotMA(RGList,array = 1)
plotDensities(RGList[,1])

以及完成所有校正后的MAList

plotMA(MAList,array = 1)
plotDensities(MAList[,1])

注意:由RGList,到完成所有校正过程,中间生成的object,都可以按照此方法查看每一步处理的变化

以上就是关于“双通道芯片MA和density怎么处理”这篇文章的内容,相信大家都有了一定的了解,希望小编分享的内容对大家有帮助,若想了解更多相关的知识内容,请关注亿速云行业资讯频道。

推荐阅读:
  1. 移植命令和库到海思相关芯片
  2. 华为MA5620配置宽带及语音实例

免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。

ma density

上一篇:python如何选择具有特定ID的行

下一篇:python如何实现Percentile groups

相关阅读

您好,登录后才能下订单哦!

密码登录
登录注册
其他方式登录
点击 登录注册 即表示同意《亿速云用户服务条款》