itol进化树中怎么添加分组圆环

发布时间:2022-02-23 11:03:30 作者:小新
来源:亿速云 阅读:2756

这篇文章主要介绍itol进化树中怎么添加分组圆环,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!

注释文件准备

首先来看一下所需要的注释文件的格式:

DATASET_COLORSTRIP
#lines starting with a hash are comments and ignored during parsing

SEPARATOR TAB
DATASET_LABEL color_strip2
STRIP_WIDTH 25
MARGIN 0
BORDER_WIDTH 1
BORDER_COLOR #000
SHOW_INTERNAL 0

DATA
160232    #efff22
13773    #efff22
56636    #efff22
111955    #efff22
2287    #efff22
50339    #efff22
2303    #efff22
2234    #efff22
64091    #efff22
2214    #efff22
2209    #117355
2261    #117355

格式说明:

注释文件中以"#"开头的行是注释行,只起说明作用,iTOL不会读取该行的内容。

DATASET_COLORSTRIP:注释文件数据类型声明,这里声明数据集是为进化树外层添加彩色圆环。

SEPARATOR TAB:指定数据分隔符,即数据列与列之间使用Tab分隔。也可指定分隔符为空格,需将"TAB"改为"SPACE"。

DATASET_LABEL color_strip2:指定数据集标签,标签可任意。

STRIP_WIDTH 25指定圆环的宽度。

MARGIN 0:指定圆环与进化树之间的距离,可为负数,会导致与进化树重叠。

BORDER_WIDTH 1:指定圆环边框的宽度。

BORDER_COLOR #000:指定圆环边框的颜色。

如果没有特殊设置,以上部分通常不需要改,直接拷贝使用即可。

DATA 之后的行就是所有的分组数据信息。数据分为两列,第一列为进化树叶节点ID,第二列是叶节点关联的颜色,每种颜色代表一个分组,不同分组的样品对应相应的颜色。可以用十六进制(#开头的颜色值),RGB表示法指定颜色。

注释文件美化

按照以上格式准备好注释文件,准备好文件后直接将其拖到iTOL进化树展示所在的位置,就能自动给进化树外层加上圆环了。之后也可以在Datasets中对圆环位置、宽度以及圆环边框的粗细、颜色等进行微调。

以上是“itol进化树中怎么添加分组圆环”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!希望分享的内容对大家有帮助,更多相关知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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