proteusTMT分析蛋白质组数据时meta文件的格式是怎么样的

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proteusTMT 分析蛋白质组数据时，meta文件的格式设置非常重要

蛋白质组数据，采用Maxquant 进行蛋白的鉴定和定量之后，可以采用R包“proteusTMT” 进行差异表达分析和统计分析。

其中比较关键的是如何在meta文件中设置样本标记信息和分组信息。

meta文件，格式（采用tab 分割）如下：

measure	experiment	sample    condition	replicate
Reporter intensity 0	1	A-1	A	1
Reporter intensity 0    2       A-2     A       2
Reporter intensity 0    3       A-3     A       3
Reporter intensity 1	1	B-1	B    	1
Reporter intensity 1    2       B-2     B       2
Reporter intensity 1    3       B-3     B       3
Reporter intensity 2	1	C-1	C	1
Reporter intensity 2    2       C-2     C       2
Reporter intensity 2    3       C-3     C       3
Reporter intensity 3	1	D-1	D	1
Reporter intensity 3    2       D-2     D       2
Reporter intensity 3    3       D-3     D       3
Reporter intensity 4	1	Q-1	Q	1
Reporter intensity 4	2	Q-2	Q	2
Reporter intensity 4	3	Q-3	Q	3

measure：指定样本的标记离子的顺序

experiment：设置第几批产生的数据

sample： 指定样品编号

condition： 指定样品分组

replicate： 指定生物学重复样本的编号

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