HECIL怎么用

发布时间:2022-03-19 10:24:15 作者:小新
来源:亿速云 阅读:128

这篇文章主要为大家展示了“HECIL怎么用”,内容简而易懂,条理清晰,希望能够帮助大家解决疑惑,下面让小编带领大家一起研究并学习一下“HECIL怎么用”这篇文章吧。

HECIL(Hybrid Error Correction of Long Reads using Iterative Learning):  这是一款基于二代数据比对,采用迭代学习的方法对pacbio 等长读长序列进行纠错的软件。

1. 软件的安装

安装比较简单,从github 上下载下来即可。

git clone https://github.com/NDBL/HECIL.git 
cd HECIL
# 设置如下软件和脚本具有可执行权限,这一点非常的重要。
chmod +x bwa samtools Align_Corr.sh

如果遇到samtools, bwa 依赖那个包,需要自己去安装相应的包,比如我在运行bwa 过程中,就需要依赖“/lib64/libc.so.6” 这个,解决方案就是自己从新下载一个bwa ,进行安装

2. 软件的运行

软件是一个python 脚本,所以运行时需要有python 2.7。

usage: HECIL.py [-h] -l LR -s SR -len LENGTH_SR -o OUTPUT [-lc LOW_CONFIDENCE]
                [-c CUTOFF_QC] [-k CONFIDENCE_THRESHOLD]

参数说明: 

-l : 长序列文件,fasta 格式

-s: 短序列文件,fastq 格式

-len: 短序列的长度

-o: 输出目录的名称

以上是“HECIL怎么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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