IsoSeq3怎么安装

今天小编给大家分享一下IsoSeq3怎么安装的相关知识点，内容详细，逻辑清晰，相信大部分人都还太了解这方面的知识，所以分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后有所收获，下面我们一起来了解一下吧。

参考官方的安装说明，采用Anaconda 进行安装，步骤如下：

1 下载最新版本的Anaconda  
2  参考安装说明，安装Anaconda。并将Anaconda的bin目录加入到系统PATH环境变量  
3 测试conda是否安装成功，并更新到最新版本

conda -V   
conda update conda

4  创建一个虚拟环境,命名为anaCogent5.2(这个名字可以自己定义），采用python 2.7版本

conda create -n anaCogent5.2 python=2.7 anaconda
source activate anaCogent5.2

5 配置国内镜像，加快软件安装速度  
有时候，安装这些包的速度比较慢，还可能中断，主要原因是Anaconda的服务器在国外。可以换成国内的镜像，加快下载速度。目前清华大学那边提供了镜像，其配置方法如下：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

6 安装依赖包biopython  bx-python

conda install -n anaCogent5.2 biopython
conda install -n anaCogent5.2 -c http://conda.anaconda.org/cgat bx-python

7 安装iso-Seq3 和 LIMA

conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda isoseq3
conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda bamtools  
conda install -n anaCogent5.2 -c bioconda pysam

以上就是“IsoSeq3怎么安装”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家阅读完这篇文章都有很大的收获，小编每天都会为大家更新不同的知识，如果还想学习更多的知识，请关注亿速云行业资讯频道。