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这篇文章主要介绍了SNP_Primer_Pipeline怎么用的相关知识，内容详细易懂，操作简单快捷，具有一定借鉴价值，相信大家阅读完这篇SNP_Primer_Pipeline怎么用文章都会有所收获，下面我们一起来看看吧。
之前在做dcaps标记，开始只找到网站版的软件，后来发现一个不错的脚本软件——SNP_Primer_Pipeline
利用其中的 getCAPS-with-user-input.py 可以同时做caps和dcaps标记引物设计，用法如下：
python getCAPS-with-user-input.py -i input.fa -t chr5D:9950377_Ref -p 301 -r A -a C -m 1000
其中 -i:输入序列；-t: 目标序列；-p: SNP位置；-r: ref；-a: alt；-m: 价格上限。
输入文件：
>chr5D:9950377_Ref TATCCATGCACATTAACATAGAAAAATTAAGTATAGAGGGTTGTCATGTATATACCGGAAAGAAGCTCCTCAAGGGTTCCACCCTGCATGTATTCCAAACATAGAGCTATTTCTTGCTCGTCAGCAACAACAAATCTCCCTTGGTACTCAACAACTTTATCTCGTATTTCATAGCAGTAGCCAACCAATCTTATGATATTTTGATGTTGGGCCCTCATAAGATTCAGAAGCTCATTCTTAAAACCAGCTTCGACTAGTCCGGGCTGGTTGTACAGTTTCTTCACGGCAATCACTTCCCCGTTATCAAGTACTCCCTGTTCAAAATCCCATGTTTAAAAGTAATAATGCAAGGGTTCAGGTAGCTAGTGTAGTGGTGGCATCTGTTTAAAAGTATTATTTTTTTCGTAAAATGCGCTTAATTTTCCTCCCAGCAACCTTTCCACCAACTGATGCACATATAACTTTGCGGTTGTAAAGTAGAAGATACAAGTAAATAATCATACTTCACACAAAAGCCTTAGAAACTACTCCCTATCCACCACAAACAATTATACGCTGCTTACAAAAATTAACGGGAGAGGAAATTACTGCCTTGGTGCTG
输出结果：
index product_size type start end diff_number 3'differall length Tm GCcontent any 3' end_stability hairpin primer_seq ReverseComplement penalty compl_any compl_end PrimerID matched_chromosomes SNP-dCAPS-Hpy166II,68-gtnnac-303-0 193 LEFT 135 156 0 YES 22 58.685 45.455 0.0 0.0 3.16 0.0 tctcccttggtactcaacaact agttgttgagtaccaagggaga 8.849723 4.48 2.64 L1 SNP-dCAPS-Hpy166II,68-gtnnac-303-0 193 RIGHT 327 303 0 YES 25 59.465 40.0 10.4910.49 2.83 0.0 ggattttgaacagggagtacttgTt aAcaagtactccctgttcaaaatcc 8.849723 4.48 2.64R1 SNP-dCAPS-BsrBI,66-ccgctc-302-0 192 LEFT 135 156 0 YES 22 58.685 45.455 0.0 0.0 3.16 0.0 tctcccttggtactcaacaact agttgttgagtaccaagggaga 9.545904 4.48 10.00 L1 SNP-dCAPS-BsrBI,66-ccgctc-302-0 192 RIGHT 326 302 0 YES 25 58.769 40.0 0.0 0.0 3.27 0.0 gattttgaacagggagtacttgaGa tCtcaagtactccctgttcaaaatc 9.545904 4.48 10.00 R6 SNP-dCAPS-BsrI,63-ccagt-300-0 161 LEFT 281 300 0 YES 20 60.322 55.0 0.0 0.0 4.45 0.0 tcacggcaatcacttcccAg cTgggaagtgattgccgtga 0.433976 13.96 13.96 L3 SNP-dCAPS-BsrI,63-ccagt-300-0 161 RIGHT 441 422 0 YES 20 59.888 55.0 0.0 0.0 3.36 0.0 ggaaaggttgctgggaggaa ttcctcccagcaacctttcc 0.433976 13.96 13.96 R2 SNP-dCAPS-HpyCH4IV,132-acgt-299-0 163 LEFT 279 299 0 YES 21 59.802 52.381 0.0 0.0 4.02 0.0 cttcacggcaatcacttccAc gTggaagtgattgccgtgaag 1.310133 17.97 12.50 L9 SNP-dCAPS-HpyCH4IV,132-acgt-299-0 163 RIGHT 441 422 0 YES 20 59.888 55.0 0.0 0.0 3.36 0.0 ggaaaggttgctgggaggaa ttcctcccagcaacctttcc 1.310133 17.97 12.50 R2 SNP-dCAPS-Fnu4HI,330-gcngc-298-0 163 LEFT 279 298 0 YES 20 60.179 55.0 0.0 0.0 4.7 0.0 cttcacggcaatcacttcGc gCgaagtgattgccgtgaag 0.291627 6.81 4.00 L8 SNP-dCAPS-Fnu4HI,330-gcngc-298-0 163 RIGHT 441 422 0 YES 20 59.888 55.0 0.0 0.0 3.36 0.0 ggaaaggttgctgggaggaa ttcctcccagcaacctttcc 0.291627 6.81 4.00 R2 Sites that can differ all for SNP CAPS cut information for snp SNP Enzyme Enzyme_seq Change_pos Other_cut_pos Cac8I,710 gcnngc 295 BseYI,660 cccagc 298 427 HhaI,HinP1I,29 gcgc 297 412 PsiI,560 ttataa 304 HpaI,122 gttaac 303 CviKI-1,272 rgcy 298 361, 229, 262, 514, 105, 210, 179, 246, 64 Hpy166II,68 gtnnac 303
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