TCGA如何绘制生存曲线图

小编给大家分享一下TCGA如何绘制生存曲线图，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

生存曲线图的绘制

在单因素生存分析完成之后，可以绘制一个单因素的生存曲线图。

# 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 其格式如下：

  bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4
1        TCGA-2W-A8YY  148      0  3.981761        23.89057
2        TCGA-4J-AA1J  226      0 37.491171        19.63823
3        TCGA-BI-A0VR 1505      0 10.891560         3.63052
4        TCGA-BI-A0VS  925      0  3.877719        19.38859
5        TCGA-BI-A20A   72      0 16.789319        12.21041
6        TCGA-C5-A0TN  348      1  7.835572        28.73043


# 针对显著性的基因绘制生成曲线
my.surv <- Surv(exprSet$time, exprSet$status)

# 循环遍历显著的基因
for(gene in names(log_rank_p) ){
  values <- exprSet[,gene]
   # 基于基因的表达量，分成两个组别
  group=ifelse(values>median(na.omit(values)),'high','low')
  kmfit2 <- survfit(my.surv ~ group,data=exprSet)
  summary(kmfit2)
  ggsurvplot(kmfit2, conf.int=T, pval=TRUE, title=gene)
  ggsave(paste(gene,'_survival.pdf', sep = ""),width = 10,height = 5)
}

绘制完的图如下：

以上是“TCGA如何绘制生存曲线图”这篇文章的所有内容，感谢各位的阅读！相信大家都有了一定的了解，希望分享的内容对大家有所帮助，如果还想学习更多知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道！