如何使用Perl脚本得到反向互补序列

这篇文章将为大家详细讲解有关如何使用Perl脚本得到反向互补序列，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

Perl脚本求得反向互补序列函数如下：

sub reverse_complement_IUPAC {
        my $dna = shift;
        # reverse the DNA sequence
        my $revcomp = reverse($dna);
        # complement the reversed DNA sequence
        $revcomp =~ tr/ABCDGHMNRSTUVWXYabcdghmnrstuvwxy/TVGHCDKNYSAABWXRtvghcdknysaabwxr/;
        return $revcomp;
}
sub reverse_complement {
        my $dna = shift;
        # reverse the DNA sequence
        my $revcomp = reverse($dna);
        # complement the reversed DNA sequence
        $revcomp =~ tr/ACGTacgt/TGCAtgca/;
        return $revcomp;
}

用法，以reverse_complement 为例：

$str = &reverse_complement($a);

#$a变量里存放序列字符串，$str为求得的反向互补序列。

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