怎么使用Python操作HDF5文件

发布时间:2022-06-28 13:54:29 作者:iii
来源:亿速云 阅读:367

这篇文章主要介绍“怎么使用Python操作HDF5文件”,在日常操作中,相信很多人在怎么使用Python操作HDF5文件问题上存在疑惑,小编查阅了各式资料,整理出简单好用的操作方法,希望对大家解答”怎么使用Python操作HDF5文件”的疑惑有所帮助!接下来,请跟着小编一起来学习吧!

创建文件和数据集

使用`h6py.File()方法创建hdf5文件

h6file = h6py.File(filename,'w')

然后在此基础上创建数据集

X = h6file.create_dataset(shape=(0,args.patch_size,args.patch_size),             #数据集的维度
                              maxshape = (None,args.patch_size,args.patch_size),                #数据集的允许最大维度 
                              dtype=float,compression='gzip',name='train',                      #数据类型、是否压缩,以及数据集的名字
                              chunks=(args.chunk_size,args.patch_size,args.patch_size))         #分块存储,每一分块的大小

最为关系的两个参数为shape和maxshape,很显然我们希望数据集的某一个维度是可以扩展的,所以在maxshape中,将希望扩展的维度标记为None,其他维度和shape参数里面的一样。还有一点值得注意的是,使用compression='gzip'以后,整个数据集能够被极大的压缩,对比较大的数据集非常又用,并且在数据读写的时候,不用用户显式的解码。

写数据集

在使用上面的creat_dataset创建了dataset以后,读写数据集就如同读写numpy数组一样方便,比如上面的函数定义了数据集'train',也就是变量X以后,可以下面的方法来读写:

data = np.zeros((100,args.patch_size,arg))
X[0:100,:,:] = data

在前面创建数据集的时候,我们定义shape = (args.chunk_size,args.patch_size,args.patch_size),如果有更多的数据,怎么办呢?

可以使用resize方法来扩展在maxshape中定义为None的那个维度:

X.resize(X.shape[0]+args.chunk_size,axis=0)

因为我们在maxshape=(None,args.patch_size,args.patch_size)中将第零个维度定义为可扩展,所以,首先我们用X.shape[0]来找到该维度的长度,并将其扩展。该维度扩展以后,就可以继续向里面写入数据了。

读数据集

读取h6文件的方法也非常简单,首先利用h6py.File方法打开对应的h6文件,然后将里面的某个数据集取出至变量,对这个变量的读取就如同numpy一样了。

h = h6py.File(hd5file,'r')
train = h['train']
train[1]
train[2]
...

但是上面的读取方法存在一个问题就是每一次使用的时候(train[1],train[2])都需要从硬盘读取数据,这将会导致读取的速度比较慢。一个比较好的方法是,每次从硬盘读取一个chunk_size的数据,然后将这些数据存储到内存中,在需要的时候从内存中读取,比如使用下面的方法:

h = h6py.File(hd5file,'r')
train = h['train']
X = train[0:100]         #一次从硬盘中读取比较多的数据,X将存储在内存中
X[1]                     #从内存中读取
X[2]                     #从内存中读取

到此,关于“怎么使用Python操作HDF5文件”的学习就结束了,希望能够解决大家的疑惑。理论与实践的搭配能更好的帮助大家学习,快去试试吧!若想继续学习更多相关知识,请继续关注亿速云网站,小编会继续努力为大家带来更多实用的文章!

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python hdf5

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