运行inotify监控脚本或服务时，应使用具有最小必要权限的用户（如普通用户），避免以root用户运行（除非监控敏感目录必须使用root）。例如，若监控/home/user/docs目录，可使用该目录的所有者用户运行脚本，减少潜在的安全风险。
使用inotifywait或inotifywatch监控目录/文件时，必须对目标路径有读权限。若监控过程中修改了目录/文件的权限（如将/path/to/monitor的权限从755改为700），会导致监控失败——即使后续恢复权限，inotify仍会继续接收通知，但权限变更期间的事件可能丢失。
inotify机制对监控数量有内核级限制，需根据实际需求调整/proc/sys/fs/inotify下的参数（或写入/etc/sysctl.conf永久生效）：
max_user_watches：单个用户可创建的监控项数量（默认8192）。若监控大量目录（如/home下的所有子目录），需增大该值（如设置为99999999），避免出现“无法添加监控项”的错误。max_user_instances：单个用户可创建的inotify实例数（默认128）。若运行多个监控脚本，需增大该值（如设置为65535）。max_queued_events：inotify队列的最大事件数（默认16384）。若事件产生速度过快（如大量文件同时修改），需增大该值（如设置为99999999），避免“事件队列溢出”（IN_Q_OVERFLOW）。仅监控必要的目录，避免监控整个文件系统（如/）。例如，若只需监控/var/www/html下的文件变化，使用inotifywait -m /var/www/html而非inotifywait -m /，减少不必要的资源消耗和安全风险（如监控到敏感系统目录的变化）。
若系统启用了SELinux，可通过SELinux策略限制inotify的权限。例如，使用semanage命令为inotify相关的进程或文件设置安全上下文，确保其仅能访问授权的目录。例如：
semanage fcontext -a -t inotify_exec_t /usr/local/inotify/bin/inotifywait
restorecon -v /usr/local/inotify/bin/inotifywait
这可防止inotify进程越权访问敏感文件。
将inotify的输出重定向到专用日志文件（如/var/log/inotify.log），并定期检查日志中的异常事件（如频繁的IN_DELETE_SELF（监控目录被删除）、IN_MOVED_FROM/IN_MOVED_TO（大量文件移动））。例如：
inotifywait -m -e create,delete,modify /path/to/directory >> /var/log/inotify.log 2>&1 &
可使用auditd工具增强审计功能，监控inotify进程的访问行为。
若监控脚本通过网络传输数据（如将事件发送到远程服务器），需配置防火墙（如firewalld）限制访问源IP地址。例如：
firewall-cmd --permanent --add-rich-rule='rule family="ipv4" source address="192.168.1.100" port port="8080" protocol="tcp" accept'
firewall-cmd --reload
避免未经授权的IP访问监控服务，降低数据泄露风险。