Java的跨域上传文件的方法有以下几种：
使用HTML5的FormData对象：在前端使用HTML5的FormData对象来上传文件，然后通过Ajax将文件数据发送到后端。在后端使用CORS（跨域资源共享）来处理跨域请求。
使用Flash插件：在前端使用Flash插件来实现文件上传，Flash可以跨域上传文件，并且可以与后端进行通信。在后端使用CORS来处理跨域请求。
使用代理服务器：在前端将文件上传到同域的代理服务器，然后再将文件传输到目标服务器。这样可以避免跨域上传文件的问题。
使用JSONP：在前端将文件数据转换为Base64编码，然后通过JSONP跨域传输到后端。在后端将Base64编码解码为文件。
需要注意的是，以上方法都需要在后端进行相应的处理，如设置CORS、解析文件数据等。具体实现方式可以根据具体的需求和技术栈选择。