Prometheus系统处理高可用性和故障容忍性的方法包括以下几个方面：
多实例部署：Prometheus支持多实例部署，可以通过部署多个Prometheus实例来提高系统的可用性。每个Prometheus实例可以监控不同的目标，并且可以使用集群存储来共享监控数据，从而实现高可用性。
高可用存储：Prometheus支持与多种存储后端集成，包括本地存储、远程存储和云存储。通过使用高可用的存储后端，可以确保监控数据的持久性和可用性。
故障转移和自动恢复：Prometheus支持自动发现和自动配置监控目标，当一个监控目标不可用时，Prometheus可以自动切换到其他可用的目标，并且可以自动恢复监控数据的采集。
告警和通知：Prometheus提供了灵活的告警规则和通知机制，可以在监控指标达到预设阈值时触发告警，并通过邮件、短信等方式通知相关人员，以便及时处理故障。
总的来说，Prometheus系统通过多实例部署、高可用存储、故障转移和自动恢复、告警和通知等多种方式来提高系统的高可用性和故障容忍性。同时，用户也可以根据自身需求和场景进行定制化配置，以满足特定的高可用性和故障容忍性要求。