在Linux系统上处理Swagger（现称为OpenAPI）的API版本兼容性问题，可以通过以下几种方法实现：
可以为每个API版本创建单独的Swagger配置文件。例如，在Spring Boot项目中，可以使用@Configuration注解为每个版本创建一个单独的配置类，如SwaggerConfigV1和SwaggerConfigV2，每个类都配置相应版本的Swagger文档。
这是一种常见的版本控制策略，通过在URL路径中包含版本号来区分不同版本的API。例如，/api/v1/users和/api/v2/users分别表示不同版本的用户API。
在这种策略中，版本信息通过请求头传递。例如，客户端可以在HTTP请求的Accept头部中指定API版本，如Accept: application/vnd.example.v1+json。
在这种方法中，版本信息包含在Content-Type或Accept头部中，例如application/vnd.example.v1+json。
Swagger Codegen可以根据OpenAPI规范生成不同版本的客户端库，这样开发者可以根据需要选择合适的版本。
对于Spring Boot项目，推荐使用SpringDoc来替代不再维护的SpringFox。SpringDoc可以自动生成Swagger文档，并支持API版本管理。
Apifox是一个集成了API文档、调试、Mock和代码生成功能的工具，支持多语言和框架。通过Apifox，可以方便地进行API文档的版本管理和更新。
利用Swagger/OpenAPI规范，可以实现服务文件的自动化生成，减少重复性工作。生成的API文档可以方便地进行版本管理，例如通过导出为JSON文件并批量导入到API管理平台。
通过上述方法，可以在Linux系统上有效地管理Swagger的API版本兼容性问题，确保不同版本的API能够平稳过渡和共存。