要保护Web应用程序免受跨站脚本攻击，可以采取以下配置步骤：
更新系统和软件：使用yum update命令来更新系统和安装的软件包，以确保所有安全补丁和更新都已安装。
使用防火墙：配置防火墙以限制对Web服务器的访问。只允许来自可信IP地址的流量，并仅允许特定的端口（如80和443）。
使用HTTPS：使用SSL/TLS协议来加密Web应用程序的通信，以防止中间人攻击。可以使用证书颁发机构颁发的有效SSL证书。
使用Web应用程序防火墙（WAF）：安装和配置WAF来过滤和阻止恶意的HTTP请求。WAF可以检测和阻止跨站脚本（XSS）攻击。
配置安全的HTTP头：在Web服务器配置中，使用安全的HTTP头来提供更好的安全性。例如，启用严格的传输安全策略（HTTP Strict Transport Security）和内容安全策略（Content Security Policy）。
输入验证和过滤：对所有用户输入数据进行验证和过滤，以防止恶意脚本的注入。使用服务器端的输入验证和过滤技术，如使用正则表达式和白名单来验证用户输入。
使用安全的编程实践：编写安全的代码，遵循最佳的安全编程实践，如避免使用不安全的函数（如eval()和exec()），以及使用参数化查询来防止SQL注入攻击。
定期更新和监控：定期更新Web应用程序和依赖的库，并监控应用程序的日志文件以检测可能的攻击行为。
进行安全审计和漏洞扫描：定期进行安全审计和漏洞扫描，以及渗透测试来发现和修复系统中的安全漏洞。
通过以上的配置和措施，可以提高CentOS系统的安全性，保护Web应用程序免受跨站脚本攻击。