清理VPS上的垃圾可以采取以下方法：
删除不需要的文件和文件夹：查找并删除不再使用的文件和文件夹，包括临时文件、日志文件、备份文件等。
清理系统日志：定期清理系统日志文件，可以使用日志轮询工具来自动清理过期的日志。
清理缓存文件：清理系统和应用程序生成的缓存文件，可以通过命令行工具如"yum clean all"来清理YUM缓存，"apt-get clean"来清理APT缓存等。
清理过期的数据库备份：如果数据库有定期备份，要定期检查并删除过期的备份文件。
清理无用的软件包：通过包管理器来删除无用的软件包，可以使用"apt-get autoremove"或"yum autoremove"命令来自动删除不再需要的依赖包。
优化数据库：定期对数据库进行优化，包括删除无用的数据、重建索引等，可以使用数据库管理工具来执行这些优化操作。
清理日志文件：定期清理应用程序生成的日志文件，可以设置日志轮询机制来自动清理过期的日志文件。
精简系统服务：检查并禁用不需要的系统服务，可以使用工具如"systemctl"或"service"来管理系统服务。
定期更新和升级：保持系统和应用程序处于最新状态，以获取最新的功能和安全修复，同时删除旧版本的文件。
监控磁盘使用情况：通过监控工具来实时监测磁盘使用情况，及时采取措施清理垃圾文件，以避免磁盘空间不足。