PHP的md5_file函数可以用来计算文件的MD5哈希值。虽然MD5是一种不可逆的哈希算法，但并不能完全保证文件的安全性。MD5算法存在碰撞的可能性，即不同的文件可能会生成相同的MD5值。因此，MD5值在一定程度上可以用来验证文件的完整性，但并不能确保文件的绝对安全。
为了确保文件的安全性，可以考虑以下几点措施：
使用更强大的哈希算法：MD5算法虽然广泛使用，但已经被认为不够安全。可以考虑使用更强大的哈希算法，如SHA-256、SHA-3等。
结合文件签名：除了使用哈希算法计算文件的摘要，还可以结合文件签名来确保文件的安全性。文件签名是一种用私钥对文件的哈希值进行签名的方式，只有持有对应公钥的用户才能验证文件的完整性。
加密文件：对于对文件的安全性要求较高的情况，可以考虑对文件进行加密处理，确保文件的内容只能被授权用户访问。
综上所述，使用md5_file函数计算文件的MD5值可以用来验证文件的完整性，但并不能完全保证文件的安全性。为了确保文件的安全性，可以结合其他措施来提高文件的安全性。