要优化Java中SQLite3的查询性能，可以考虑以下几点：
使用索引：在数据库表中添加适当的索引可以大大提高查询性能。可以使用CREATE INDEX语句在需要进行查询的列上创建索引。
批量操作：尽量使用批量操作来减少与数据库的交互次数。可以使用PreparedStatement的addBatch()方法来批量插入或更新数据。
使用连接池：使用连接池可以避免频繁地创建和销毁数据库连接，从而提高性能。
使用PreparedStatement：使用PreparedStatement来执行查询可以提高性能，因为PreparedStatement会对SQL语句进行预编译，减少每次执行查询时的开销。
缓存查询结果：如果查询的结果集比较稳定，可以考虑将查询结果缓存起来，以减少重复查询的开销。
优化SQL语句：优化查询语句可以提高查询性能，例如避免使用SELECT *，只选择需要的列；避免使用全表扫描等。
通过以上方法可以有效地优化Java中SQLite3的查询性能，提升系统的响应速度。