在Linux系统中，您可以使用以下方法来管理GeoServer图层：
使用GeoServer的Web管理界面：您可以通过GeoServer的Web管理界面来管理图层。在浏览器中输入GeoServer的地址（通常是http://localhost:8080/geoserver），然后使用管理员账户登录。在管理界面中，您可以创建、编辑、删除图层，设置图层的样式和投影等。
使用命令行工具：GeoServer还提供了一些命令行工具来管理图层，例如gsconfig-cli和gsconfig-shell。您可以使用这些工具来批量管理图层，执行一些自动化的任务。
直接操作文件系统：GeoServer的图层数据通常存储在文件系统中，您可以直接操作文件系统来管理图层。例如，您可以通过文件管理器或命令行工具来创建、复制、移动、删除图层数据文件。
总的来说，在Linux系统中管理GeoServer图层可以通过Web管理界面、命令行工具和直接操作文件系统等方式来实现。具体的操作方法取决于您的需求和熟悉的工具。