VNC（如TigerVNC）基于原生RFB协议，依赖本地桌面环境渲染，低带宽环境下延迟明显（如实时操作卡顿、画面撕裂），但支持多显示器扩展、高分辨率显示等基础功能。X2Go基于优化的NX3协议，集成SSH隧道加密与数据压缩，在低带宽（如10Mbps以下）或高延迟（＞50ms）网络中表现更稳定，实时操作（如文档编辑、代码编写）的响应速度优于VNC，且资源占用更低（适合老旧设备或远程服务器）。
VNC默认采用非加密传输，需手动配置SSH隧道（ssh -L 5901:localhost:5901 user@server）或使用加密版VNC（如TightVNC）才能保障数据安全，配置过程对新手不友好。X2Go原生支持SSH加密，所有通信（包括键盘输入、鼠标操作、文件传输）均通过SSH隧道传输，无需额外设置，安全性更高。
VNC主要提供远程桌面访问功能，部分实现（如TigerVNC）支持文件共享，但需依赖第三方工具（如Samba）实现跨设备传输，且不支持音频传输（无法远程播放声音）。X2Go支持音频传输（远程播放音乐/视频）、剪贴板同步（双向复制粘贴）、文件共享（直接拖拽传输文件）、多会话管理（同时运行多个远程会话）等功能，更符合日常办公需求。
VNC安装配置较灵活：以Ubuntu为例，可通过sudo apt install tigervnc-standalone-server快速安装，但需手动编辑~/.vnc/xstartup文件配置桌面环境（如指定startxfce4启动XFCE），且不同VNC实现（如RealVNC、TigerVNC）的配置差异较大。X2Go提供图形化管理工具（x2goclient），支持一键连接、会话保存、参数调整（如分辨率、色彩深度），新手可通过向导快速完成配置（选择服务器IP、用户名、桌面环境即可连接）。
VNC客户端支持广泛，几乎所有主流操作系统（Windows、macOS、Linux）均有成熟的VNC客户端（如RealVNC Viewer、TigerVNC Viewer），但服务器端需根据桌面环境调整配置（如GNOME桌面需修改~/.xsession文件）。X2Go客户端支持Windows、macOS、Linux，但服务器端仅支持Linux系统（如Ubuntu、Debian、CentOS），适合需要从多设备访问Linux服务器的场景。
VNC适合局域网内基础远程访问（如家庭电脑控制办公室电脑、IT运维调试设备），对性能要求不高且熟悉配置的用户。X2Go适合低带宽/高延迟环境（如异地办公、远程服务器管理）、需要丰富功能（音频、文件传输）的用户，以及频繁访问Linux服务器的场景（如开发人员远程编译代码、设计师远程运行图形软件）。