在Java WebAPI中进行版本控制通常可以通过以下几种方式实现：
URI版本控制：在API的URI中包含版本信息，例如将不同版本的API区分为不同的URI路径，如/api/v1/resource和/api/v2/resource。这样可以简单直观地区分不同版本的API，并且可以在后续版本更新时轻松添加新的版本。
请求头版本控制：在HTTP请求头中添加版本信息，通过请求头中的版本信息来确定调用的API版本。这种方式相对灵活，可以通过配置请求头来切换不同版本的API。
查询参数版本控制：在API请求时通过查询参数传递版本信息，例如/api/resource?version=1。这种方式与URI版本控制类似，但是更灵活，可以在不同请求中传递不同版本信息。
无论采用哪种方式进行版本控制，都需要确保在API设计阶段考虑到版本控制，避免不同版本的API出现冲突或混乱，同时也需要在文档中清晰地说明每个版本的变化和支持情况。