在Linux系统中，PHP慢查询通常是由于代码效率低下、数据库优化不足或者系统资源限制等原因导致的。要解决PHP慢查询问题，可以尝试以下方法：
优化SQL查询：检查慢查询的SQL语句，使用EXPLAIN分析查询性能，找出性能瓶颈。尽量减少JOIN操作，避免全表扫描，合理使用索引。
使用缓存：为经常访问的数据添加缓存，如Redis或Memcached。这样在下次请求时可以直接从缓存中获取数据，减少数据库查询次数。
优化PHP代码：检查代码中是否存在低效的操作，如循环中的数据库查询、大量计算等。可以使用性能分析工具（如Xdebug）来找出代码中的瓶颈。
使用持久连接：使用持久连接（Persistent Connection）可以减少建立和关闭数据库连接的时间，提高查询性能。
数据库优化：定期对数据库进行优化，如清理碎片、更新统计信息、调整配置参数等。可以考虑使用更高效的数据库引擎，如InnoDB。
升级硬件：如果系统资源不足，可以考虑升级硬件，如增加内存、使用更快的CPU、升级SSD硬盘等。
使用负载均衡：如果系统负载较高，可以使用负载均衡技术将请求分发到多台服务器，提高系统处理能力。
代码分离：将PHP代码与数据库逻辑分离，使用面向对象编程（OOP）的方法组织代码，提高代码的可读性和可维护性。
使用队列：对于耗时的操作，可以使用队列（如RabbitMQ、Beanstalkd等）将其异步处理，避免阻塞主线程。
监控和调优：持续监控系统性能，根据实际情况调整优化策略。可以使用性能监控工具（如New Relic、Datadog等）来分析系统瓶颈。