要避免Webshell漏洞，在Java应用中可以采取以下措施：
使用安全的编程实践：编写安全的代码是防止Webshell漏洞的第一步。使用安全的编码标准和最佳实践，避免使用不安全的函数和API，以及避免硬编码敏感信息。
输入验证和过滤：确保对所有用户输入的数据进行验证和过滤，以防止恶意用户输入恶意代码。可以使用输入验证库（如OWASP ESAPI）来帮助进行输入验证和过滤。
安全配置：确保应用程序和服务器的安全配置是正确的。限制对敏感文件和目录的访问权限，避免使用默认的用户名和密码，以及及时更新服务器和框架的补丁。
安全的文件上传：对于文件上传功能，确保对上传的文件进行检查和过滤，限制上传文件的类型和大小，以及将上传的文件保存在安全的位置。
日志和监控：实现日志记录和监控功能，及时检测并响应潜在的Webshell漏洞。监控应用程序的访问日志和系统日志，以及实施异常检测和警报机制。
安全审计和代码审查：定期进行安全审计和代码审查，检查应用程序中是否存在潜在的Webshell漏洞，并及时修复漏洞。可以使用安全工具（如静态代码分析工具）来帮助进行代码审查。
通过综合采取以上措施，可以有效减少Webshell漏洞对Java应用程序的影响，并提高应用程序的安全性。