Java Encoder在Web开发中的应用主要是用于防止恶意输入和保护应用免受攻击。它可以用于对用户输入数据进行编码，防止恶意用户输入恶意代码或攻击代码，从而保护应用系统的安全性。Java Encoder可以用于对URL、HTML、JavaScript、CSS等内容进行编码，以防止跨站脚本攻击（XSS攻击）和其他安全漏洞。在Web开发中，开发人员可以使用Java Encoder来加强应用的安全性，防止用户输入造成的安全漏洞和攻击。