Spring Boot通过使用Spring的异常处理机制来处理MySQL的SQL异常。当MySQL的SQL异常发生时，Spring Boot会捕获异常并将其转换为一个Spring的DataAccessException或其子类异常，然后可以通过自定义异常处理器来处理这些异常。
在Spring Boot中，可以通过编写一个实现了Spring的ExceptionTranslator接口的类来处理MySQL的SQL异常。这个类可以捕获DataAccessException并根据不同的异常类型进行相应的处理，比如打印日志、发送警报、回滚事务等操作。
另外，Spring Boot还提供了一些注解来简化异常处理，比如@ExceptionHandler、@ControllerAdvice等。通过这些注解，可以在Controller层或全局统一处理MySQL的SQL异常，从而提高代码的可维护性和复用性。