FastCGI的缺点包括以下几点：
配置复杂：FastCGI需要额外的配置和管理，包括设置和调整FastCGI进程池、处理并发请求等，对于不熟悉FastCGI的开发人员来说，配置可能会相对复杂。
性能损失：FastCGI需要通过网络进行通信，这会引入一定的性能损失。相对于直接调用本地函数的方式，通过网络传输数据会带来额外的延迟和带宽消耗。
进程管理：FastCGI需要管理自己的进程池，这会增加服务器的负担。如果进程池设置不合理，可能会导致资源浪费或者无法满足高并发请求的需求。
安全性：FastCGI的进程池可能会受到各种攻击，如拒绝服务攻击、缓冲区溢出等。如果没有采取相应的安全措施，可能会导致服务器被攻击或者数据泄露的风险。
扩展性：FastCGI的扩展性相对较差。因为FastCGI是基于进程池的模型，当需要处理更多的请求时，需要增加更多的进程，这会导致服务器资源消耗较大。相比之下，采用异步非阻塞的方式可以更好地支持高并发请求。
综上所述，虽然FastCGI是一种成熟的CGI协议标准，但它也存在一些缺点，特别是在性能和扩展性方面。因此，在选择使用FastCGI时，需要综合考虑具体的应用场景和需求。