MySQL双主架构的缺点包括：
数据冲突：双主架构会导致数据冲突问题，因为两个主节点可以同时写入数据，如果同时对同一条数据进行修改，就会出现数据冲突的情况。
数据同步延迟：由于双主架构需要实时同步数据，可能会导致数据同步延迟的问题。当一个主节点更新数据后，需要将更新的数据同步到另一个主节点，这个过程可能需要一定的时间，期间可能会出现数据不一致的情况。
系统复杂性：双主架构相对于单一主节点架构来说更加复杂，需要实现数据同步机制、数据冲突解决机制等。同时，配置和管理双主架构也需要更多的资源和精力。
性能损耗：由于需要实时同步数据和解决数据冲突，双主架构的性能通常会比单一主节点架构低。同时，双主架构也需要更多的计算和网络资源来实现数据同步和冲突解决。
一致性问题：双主架构的一致性可能会受到影响。当一个主节点更新数据后，另一个主节点可能还没有同步到最新的数据，这时如果读取该数据可能会得到不一致的结果。