在Ubuntu上，qmake通常是与Qt一起安装的，并且与Qt的版本相对应。因此，在大多数情况下，qmake在Ubuntu上的兼容性应该很好。用户可以通过安装Qt的官方版本或者通过包管理器安装Qt来获取qmake。
但是有时可能会遇到一些问题，例如使用旧版本的qmake可能无法与最新版本的Qt兼容，或者在安装Qt时缺少一些依赖项导致qmake无法正常工作。在这种情况下，用户需要根据具体情况进行调查和解决问题。
总的来说，qmake在Ubuntu上的兼容性通常是很好的，但用户需要确保安装的Qt版本与qmake的版本匹配，并且系统中有必要的依赖项。