Ubuntu系统下Java运行慢可以通过以下几种方法进行优化：
1. 代码优化
- 减少对象创建：避免不必要的对象创建，尽量复用对象。
- 减少不必要的计算：通过缓存结果来避免重复计算。
- 使用高效的数据结构和算法。
- 避免过多的嵌套循环和递归调用。
2. JVM调优
- 调整堆内存大小：通过修改JVM的堆大小参数（-Xms和-Xmx）来适应应用程序的内存需求。
- 选择合适的垃圾收集器：不同的垃圾收集器有不同的性能特点，选择合适的垃圾收集器可以提高性能。例如，G1、CMS等。
- 设置合适的线程池大小。
- 启用JIT编译器的优化选项。
3. 系统资源优化
- 清理磁盘空间：删除不必要的临时文件、缓存和垃圾文件。
- 禁用不必要的启动项：在Ubuntu启动时，会加载一些不必要的服务和程序，这些启动项可能会消耗系统资源并降低系统的性能。
- 使用轻量级桌面环境：如果系统性能较低，可以考虑使用轻量级的桌面环境，如XFCE或LXDE，这些桌面环境消耗更少的系统资源。
4. 使用性能分析工具
- jProfiler：一款由ej-technologies公司开发的商业Java性能分析工具，功能强大，支持对本地和远程应用程序进行实时或离线的性能分析。
- VisualVM：JDK自带的一个免费的Java性能分析工具，集成了多个JDK命令行工具，提供了一个可视界面，用于查看Java虚拟机上运行的Java应用程序的详细信息。
5. 其他优化建议
- 合理设置锁：分析代码中的共享变量，并合理地设置锁，以减少线程竞争的情况。
- 减少上下文切换：采用线程池的方式对线程进行管理，限制线程的数量，避免同时创建过多的线程。
- 使用线程间通信：通过队列等数据结构进行线程间通信，减少资源竞争的情况。
- 并行化处理：对于可以并行执行的任务，可以将其拆分为多个子任务，使用多线程并行处理。
- 选择合适的数据结构：在多线程环境下，合理选择适用于并发操作的数据结构。
通过上述方法，可以显著提高Java应用程序在Ubuntu系统上的运行效率。在进行优化时，建议结合实际情况进行测试和验证，以确保优化措施的有效性和稳定性。