为了提高PHP应用程序的安全性，您可以采取以下措施：
更新和维护：确保您的服务器、PHP和所有相关的软件（如数据库管理系统）都是最新版本。这有助于修复已知的安全漏洞。
验证和过滤用户输入：始终验证和过滤用户提交的数据，以防止SQL注入、跨站脚本（XSS）等攻击。使用PHP内置的过滤函数，如filter_var()，或自定义验证函数。
使用预处理语句：使用预处理语句和参数化查询可以防止SQL注入攻击。在PHP中，可以使用PDO（PHP Data Objects）或MySQLi扩展来实现预处理语句。
限制文件上传：只允许用户上传特定类型的文件，并对上传的文件进行验证。确保上传目录具有正确的权限设置，以防止未经授权的访问和文件执行。
使用安全的密码策略：强制用户使用强密码，并定期更改密码。可以使用PHP的password_hash()函数来存储加密后的密码。
启用会话安全：确保会话ID是随机生成的，并在URL中隐藏会话ID，以防止会话劫持攻击。同时，设置合适的会话超时时间。
使用HTTPS：使用SSL/TLS证书为您的网站启用HTTPS，以确保数据在传输过程中的安全性。
设置正确的文件权限：确保您的PHP文件、目录和服务器配置具有适当的权限设置，以防止未经授权的访问和修改。
遵循最佳实践：遵循PHP编程的最佳实践，如避免使用eval()和exec()函数，以及限制对敏感文件和目录的访问。
定期审计：定期检查您的代码和服务器配置，以确保没有引入新的安全漏洞。可以使用安全扫描工具，如OWASP ZAP，来帮助您进行审计。