在CentOS系统中设置环境变量的最佳实践主要包括以下几个方面：
使用/etc/profile.d目录：这是Linux推荐的方法，用于设置系统级的环境变量。在/etc/profile.d目录下创建一个脚本文件（如java.sh），并在其中添加环境变量定义。这样可以在系统启动时自动加载这些变量。
避免在/etc/profile中直接设置系统环境变量：虽然可以在/etc/profile中设置环境变量，但这可能会影响所有用户，因此不推荐这样做。如果需要设置系统级环境变量，建议使用/etc/profile.d目录。
为用户定制环境变量：可以在用户的~/.bashrc或~/.bash_profile文件中设置环境变量，这样只会影响当前用户。使用这种方法可以避免影响其他用户，并且环境变量只对当前用户有效。
使用source命令使环境变量生效：在修改了环境变量文件后，需要使用source命令来使更改立即生效。例如，source /etc/profile或source ~/.bashrc。
注意环境变量的永久性和生效范围：根据需求选择是设置永久环境变量（在系统启动时自动加载）还是临时环境变量（在当前shell会话中有效）。同时，明确环境变量的生效范围是对所有用户、当前用户还是仅对特定用户有效。
使用大写字母命名环境变量：为了便于识别，环境变量通常使用大写字母命名，如PATH、JAVA_HOME等。
配置文件层级体系：了解Linux环境变量配置文件的层级体系，如/etc/profile、/etc/profile.d、~/.bashrc等，并根据需要选择合适的文件进行配置。
使用systemd管理服务环境变量：对于需要开机自启动的服务，可以在服务的systemd配置文件中设置环境变量，确保服务启动时加载这些变量。
避免在环境变量中包含特殊字符：在设置环境变量时，如果值中包含空格或等号等特殊字符，应使用单引号或转义字符正确处理。
定期维护和检查环境变量：随着系统或应用的更新，定期检查和更新环境变量配置，确保它们仍然有效并符合当前的需求。
通过遵循这些最佳实践，可以确保环境变量的配置既安全又高效，减少潜在的系统问题，并提高系统的可维护性。