如果在Java应用程序中修改了代码，但是重启后修改不生效，可能是由于以下原因：
缓存问题：Java应用程序可能会将类加载到内存中并进行缓存，以提高性能。如果修改了代码，但缓存中仍然存在旧的类，则重启应用程序时不会加载最新版本的类。解决此问题的方法是清除应用程序的缓存，具体方法因应用程序而异。
类加载器问题：Java应用程序使用类加载器来加载和管理类。如果修改的类被加载到了不可更改的类加载器中，则重启应用程序时不会加载最新版本的类。解决此问题的方法是使用可重载的类加载器，例如使用spring-boot-devtools或JRebel等工具。
配置文件问题：如果修改的代码依赖于配置文件，并且配置文件没有重新加载，则重启应用程序时不会应用最新的配置。解决此问题的方法是确保配置文件在重启应用程序时被重新加载，例如通过在应用程序启动脚本中添加重新加载配置文件的步骤。
IDE问题：如果使用集成开发环境（IDE）进行开发，并且未正确配置或使用IDE的自动编译功能，则修改的代码可能不会自动编译并重新构建应用程序。确保IDE正确配置并自动编译代码。
异常问题：如果修改的代码包含错误或异常，应用程序可能会在启动过程中崩溃或出现其他问题。检查应用程序日志或控制台输出以查看是否发生异常，并修复问题。
总之，要解决Java修改代码后重启不生效的问题，需要检查缓存、类加载器、配置文件、IDE配置以及代码中的异常等方面，找出问题所在并进行相应的修复。