CentOS上Compton与Wayland通常是兼容的。Compton原生支持Wayland协议，在CentOS的Wayland会话中可正常运行，为窗口提供合成和阴影效果。
不过，可能存在一些兼容性问题，比如在Nvidia显卡环境下可能会有性能问题，但近年来Nvidia驱动已显著改善。此外，如果遇到问题，可通过修改Compton配置文件、更新Compton版本或使用兼容层等方法解决。