在MySQL的配置文件中，通常会使用include指令来包含其他配置文件，以便将配置文件分割成更小的部分进行管理。conf.d目录是一个常用的存放MySQL配置文件的目录，通常包含了数据库实例的各种配置文件。通过在MySQL的主配置文件中使用include指令来引入conf.d目录中的配置文件，可以实现将多个配置文件按需加载，方便管理和维护。
因此，conf.d目录和include指令之间的关系是，include指令可以用来引入conf.d目录中的配置文件，从而将配置文件按照模块化的方式进行管理和加载。这种做法可以使MySQL的配置文件更加清晰和易于维护。