处理MYSQL wait_time过长的方法有以下几种：
优化查询语句：查看哪些查询语句执行时间较长，尝试优化这些查询语句，如添加索引、避免全表扫描等。
调整数据库配置：调整数据库的配置参数，如增加缓冲区大小、调整连接数、调整线程池大小等。
检查并发连接数：检查数据库的并发连接数是否过高，如果是，可以限制并发连接数或增加数据库连接数。
数据库性能监控：使用数据库性能监控工具监控数据库的性能指标，及时发现问题并进行调优。
数据库分片：将数据库进行分片，将数据分散到多个数据库节点上，减轻单一数据库的压力。
数据库集群：使用数据库集群技术，将数据库分散到多个节点上，提高数据库的容错性和性能。
考虑使用缓存：对于一些查询频繁但不经常变化的数据，可以考虑使用缓存技术，减轻数据库的压力。