在Java中使用rsync进行文件同步时，如果发生文件冲突（即两个文件在同一位置发生冲突），rsync会根据不同的命令选项来处理冲突。一般来说，rsync会根据文件的时间戳和大小来判断文件是否相同，如果文件不同，则会进行文件覆盖或合并等操作。
以下是一些常见的rsync命令选项，可以用来处理文件冲突：
--update：当源文件新于目标文件时，只会将源文件更新到目标文件，而不会覆盖目标文件。
--ignore-existing：忽略目标文件，不进行任何操作。
--backup：在文件冲突时，将目标文件备份后再进行覆盖操作。
--delete：删除目标文件，然后将源文件复制到目标文件位置。
通过选择适当的rsync命令选项，可以灵活处理文件冲突，确保数据同步的正确性。