JetBrains的PHP工具可以使用内置的版本控制功能来管理代码的版本。在PHP工具中，你可以选择使用Git、Subversion或其他版本控制系统进行版本控制。你可以在PHP工具的设置中配置版本控制系统，并将你的项目连接到版本控制存储库。然后，你可以使用PHP工具的版本控制功能来提交更改、查看提交历史、分支和合并代码等操作。通过使用PHP工具的版本控制功能，你可以更好地管理和跟踪代码的版本，并与团队成员协作开发。