在PHP中，使用urlencode()函数对数组进行编码可以确保URL参数安全。然而，仅依靠urlencode()并不足以确保整个安全性。你还需要考虑以下几点来确保安全性：
过滤用户输入：始终对用户提供的数据进行验证和过滤，以防止跨站脚本攻击（XSS）和其他注入攻击。使用PHP内置的过滤函数，如filter_var()，确保数据符合预期的格式。
使用预处理语句：当与数据库交互时，使用预处理语句（例如，使用PDO或MySQLi扩展）可以有效防止SQL注入攻击。预处理语句将参数与SQL查询分开，确保用户输入不会被解释为SQL代码。
使用安全的编码库：在处理特殊字符时，使用安全的编码库，如htmlspecialchars()，以防止跨站脚本攻击。
设置HTTP头部：确保设置正确的HTTP头部，如Content-Security-Policy（CSP），以减少跨站脚本攻击和其他代码注入攻击的风险。
保持软件更新：定期更新PHP、数据库管理系统和其他相关软件，以修复已知的安全漏洞。
总之，虽然urlencode()函数可以帮助确保数组参数在URL中的安全性，但要确保整个应用程序的安全性，还需要采取其他多种措施。