在Java设计模式中，通常不建议直接使用run方法来执行线程的逻辑。run方法是Thread类的一个普通方法，直接调用run方法会在当前线程中执行，而不会创建新的线程。在多线程编程中，应该使用start方法来启动线程，start方法内部会调用run方法来执行线程的逻辑，并且会在新的线程中执行。
在设计模式中，可以使用一些设计模式来管理线程的创建、启动和执行逻辑，例如工厂模式、单例模式、观察者模式等。这些设计模式可以帮助组织和管理线程的逻辑，提高代码的可读性和可维护性。另外，还可以使用Executor框架来管理线程池，更好地控制线程的数量和执行方式。
总的来说，在Java设计模式中，应该避免直接调用run方法来执行线程的逻辑，而是通过合适的设计模式来管理线程的创建和执行逻辑，以提高代码的质量和可维护性。