blastn

blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx的区别与用法

小云
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2023-08-05 18:25:59
栏目: 编程语言

blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx是NCBI提供的一系列用于序列比对的工具,主要用于在数据库中搜索相似序列。它们之间的区别和用法如下:

  1. blastn:用于比对核酸序列(DNA或RNA)与数据库中的核酸序列。输入为核酸序列,输出为相似度高的核酸序列。

  2. blastp:用于比对蛋白质序列与数据库中的蛋白质序列。输入为蛋白质序列,输出为相似度高的蛋白质序列。

  3. blastx:用于比对核酸序列与数据库中的蛋白质序列。输入为核酸序列,输出为相似度高的蛋白质序列。blastx是通过将核酸序列进行六种可能的翻译(三种正向翻译和三种反向翻译)后,与蛋白质序列进行比对。

  4. tblastn:用于比对蛋白质序列与数据库中的核酸序列。输入为蛋白质序列,输出为相似度高的核酸序列。tblastn是通过将蛋白质序列与数据库中的核酸序列进行比对。

  5. tblastx:用于比对核酸序列与数据库中的核酸序列。输入为核酸序列,输出为相似度高的核酸序列。tblastx是通过将核酸序列进行六种可能的翻译(三种正向翻译和三种反向翻译)后,与数据库中的核酸序列进行比对。

使用这些工具时,通常需要指定输入序列文件和数据库文件,可以选择一些参数来优化比对结果。比对结果通常包括相似度得分、比对长度、E值等信息。根据具体的需求和研究目的,选择合适的比对工具和参数。

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